ในอดีตบริเวณวัดบางขนุนเคยเจริญรุ่งเรืองอย่างมากหลังจากกรุงศรีอยุธยาแตกได้มีพวกเจ้านายลี้ภัยการเมืองมาพักที่วัดแห่งนี้และร่วมกันบูรณะในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอด

;