พิพิธภัณฑ์วัดพระปฐมเจดีย์ ตั้งอยู่บริเวณชั้นลดด้านทิศตะวันออกตรงข้ามพระอุโบสถ ภายในเก็บวัตถุโบราณที่ขุดพบได้จากสถานที่ต่างๆ ในจังหวัดนครปฐมทั้งสมัยบ้านเชียง สมั

;