เป็นถ้ำหินปูนที่มีความโดดเด่นทางด้านธรณีวิทยาเป็นอย่างมาก เนื่องจากมีลักษณะเป็นถ้ำธารลอด (stream cave) ที่มีความยาวมากไม่ต่ำกว่า 4 กิโลเมตร และยังมีการก่อตัวของหินงอกหินย้อยลักษณะสวยงามแปลกตามากมาย อาทิ หลอดหินย้อย หินปูนฉาบ และม่านหินย้อย เป็นต้น จึงถือได้ว่าเป็น ถ้ำเป็น (live cave) และที่สำคัญมีการค้นพบซากดึกดำบรรพ์ของสัตว์มีกระดูกสันหลังจำนวนมากบริเวณพื้นลำธารตลอดความยาวของถ้ำ เช่น ขากรรไกรพร้อมฟันกรามล่างของช้างโบราณสเตโกดอน อายุประมาณ 1.8 ล้านปี ถึง 10,000 ปีก่อน แผ่นฟันกรามของช้างโบราณเอลิฟาส กรามแรดโบราณ และเขากวาง เป็นต้น ถือได้ว่าเป็นถ้ำที่มีความโดดเด่นทั้งทางด้านธรณีสัณฐานและด้านซากดึกดำบรรพ์เป็นอย่างมาก

เป็นถ้ำอยู่ในเทือกเขาหินปูนทอดยาวมีลักษณะคล้ายอุโมงค์ใต้ภูเขา ภายในถ้ำมีลักษณะคดเคี้ยวมีระยะทางจากปากถ้ำจนถึงทางออก ประมาณ 4 กิโลเมตร สิ่งที่โดดเด่นของถ้ำแห่งนี้ที่สำคัญคือการพบซากดึกดำบรรพ์ของช้าง และ แรดสมัยไพลสโตซีน โดยเฉพาะอย่างยิ่งช้าง สกุล สเตโกดอน ซึ่งเป็นที่มาของการเรียกชื่อถ้ำแห่งนี้ว่า “ถ้ำเล สเตโกดอน” ซากดึกดำบรรพ์ ดังกล่าวเป็นซากกระดูกขากรรไกรพร้อมฟันกราม ซี่ที่ 2 และ 3 ด้านล่างขวาของช้างดึกดำบรรพ์เชื่อกันว่าการพบเจอฟันกรามช้างสกุล สเตโกดอน

สเตโกดอน เป็นจุดกำเนิดเรื่องราวการศึกษาค้นคว้าทางธรณีวิทยาในจังหวัดสตูล โดยใช้การบูรณาการทุกภาคส่วน ทุกฝ่ายเห็นประโยชน์ที่จะเกิดท้องถิ่นและประเทศชาติร่วมกัน อาทิ หน่วยงานในจังหวัดสตูล, กรมทรัพยากรธรณี, สถาบันวิจัยไม้กลายเป็นหินฯ, กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา, กรมการท่องเที่ยว, การท่องเที่ยวแห่งประเทศไทย (ททท.), และภาคส่วนจากชุมชนท้องถิ่นในเขตอุทยานธรณีสตูล จนเกิดการจัดตั้งอุทยานธรณีสตูลขึ้นเพื่อผลักดันให้เป็นสมาชิกอุทยานธรณีโลกต่อไป พอออกจากถ้ำจะต้องนั่งเรือ 30 นาที นักท่องเที่ยวจะได้สัมผัสกับป่าชายเลน โดยการต่อเรือไปขึ้นบกที่ท่าเรือท่าอ้อย ด้วยระยะทางประมาณ 4 กิโลเมตร โดยน้ำในถ้ำจะได้รับอิทธิพลจากน้ำในลำธารและน้ำทะเลขึ้นลงเป็นประจำทุกวัน การท่องเที่ยวภายในถ้ำจะต้องพายเรือลอดถ้ำ และต้องพิจารณาระดับน้ำในถ้ำแต่ละวันด้วย แต่สามารถเข้าถ้ำได้ตลอดทุกฤดูกาล การท่องเที่ยวจะต้องติดต่อที่องค์การบริหารส่วนตำบลทุ่งหว้าล่วงหน้า เนื่องจากอุทยานธรณีสตูลจะเน้นการท่องเที่ยวเพื่อการเรียนรู้ นักท่องเที่ยวสามารถชมพิพิธภัณฑ์ทางธรณีก่อนเข้าถ้ำได้ ขณะเดียวกันจะมีมาตรการความปลอดภัยที่เข้มงวด และจำกัดจำนวนนักท่องเที่ยว โดยเน้นการท่องเที่ยวเชิงคุณภาพเพื่อรักษาทรัพยากรธรรมชาติให้คงอยู่ตลอดไป